História železničného zdravotníctva siaha do čias, kedy došlo k rozmachu prepravy prostredníctvom železnice. Aby nedochádzalo k ohrozeniu bezpečnosti dopravy a tiež, aby sa predišlo vzniku rôznych nehôd, boli železničné správy nútené prihliadať aj na intelektuálne, zdravotné a zmyslové schopnosti svojich prevádzkových zamestnancov.
V prípade železničných nehôd sa musela železničná správa postarať o záchranné práce, lekársku prvú pomoc, rýchly transport do nemocnice a znášala aj liečebné náklady postihnutých cestujúcich. To boli dôvody, aby železnice uzatvárali s rôznymi lekármi zmluvy na vykonávanie lekárskych prehliadok u železničného personálu v určitých pravidelných intervaloch, ale hlavne pred vstupom do zamestnania. Títo tzv. rajónní lekári poskytovali služby pre určitý rajón v železničnom uzle, alebo pre určitý traťový úsek. Na železničných správach pracovali lekári vo funkcii úradných a revíznych lekárov dráh, ktorí zasa kontrolovali a usmerňovali rajónnych lekárov vo vnútropodnikovej službe a v záchrannej službe železníc.
Pojmy železničný lekársky okrsok a železničný okrskový lekár (ŽOL) dostali už v prvopočiatku vývoja samostatných železníc celkom konkrétny organizačný význam, ktorý sa zachoval až do tohto storočia. Za prvej ČSR si vybudovali ČSD vlastnú sústavu zdravotnej a sociálnej starostlivosti, ktorá nadväzovala na Nariadenia CK rakúskych železníc a bola zakotvená v Zákone z 9. októbra 1924.
Po roku 1945 sa systém železničného zdravotníctva veľmi nelíšil od toho, ktorý existoval od prvej republiky. Na riaditeľstvách dráh existovali zdravotné orgány na čele, so šéflekárom, ďalej administratívny aparát, malý zbor lekárov doplnený o tzv. okrskových revíznych lekárov ČSD pre krátkodobú posudkovú službu. V roku 1951 mali ČSD 232 ŽOL na železničných lekárskych staniciach, ktoré boli prvými liečebno – preventívnymi zariadeniami na úrovni prvého kontaktu. Aplikácia neslávneho zákona č. 103/1951 o jednotnej liečebnej a preventívnej starostlivosti znamenal fúziu železničného zdravotníctva so štátnou zdravotnou správou a znamenala nepochopenie tohto procesu a teda aj jeho umelé prerušenie. Dôsledkom tohto procesu bol zvýšený výskyt dopravných nehôd, v dôsledku zlyhania ľudského faktora pri nesprávnom a nedostatočnom posudzovaní zdravotnej a zmyslovej spôsobilosti na výkon služby na ČSD. Po štyroch rokoch takejto činnosti Vládnym uznesením č. 1682 z 28. mája 1955 bol tento nešťastný krok napravený a všetka závodná zdravotná starostlivosť sa preniesla z rezortu Ministerstva zdravotníctva do Ministerstva dopravy. Dňom 1. júla 1955 Ministerstvo dopravy začalo zaisťovať závodnú zdravotnú starostlivosť o zamestnancov ČSD. Tento dátum tvorí novodobý historický medzník v živote železničného zdravotníctva.
V Košiciach z pôvodných 9 železničných staníc vzniklo 13. Zriadilo sa tiež ambulatórium s odborno-lekárskymi pracoviskami a boli obsadené internistom MUDr. Burgerom, neskôr MUDr. Orieškom, chirurgom MUDr. Knothom, očnými lekármi MUDr. Šimigom a neskôr MUDr. Drahovskou. Prevádzku ORL začal MUDr. Česnek , neskôr MUDr. Lukánová. Prvým náčelníkom služby železničného zdravotníctva sa stal MUDr. Lastovecký, ktorý sa veľkou mierou zaslúžil o výstavbu dnešnej Železničnej nemocnice Košice. Po ňom sa v roku 1961 stal náčelníkom Železničnej nemocnice Košice MUDr. Česnek, ktorý sa s obrovským zápalom a nevšedným úsilím staral o to, aby služby poskytované železničiarom boli na čo najvyššej úrovni. Jeho meno sa viaže so skutočnými základnými úspechmi železničného zdravotníctva vôbec, v rámci celej ČSR. Z nestorov železničného zdravotníctva je potrebné spomenúť mená ako boli MUDr. Valent, MUDr. Kubinský, MUDr. Šoltýs, MUDr. Navrátil, MUDr. Okres, MUDr. Ďurinda, MUDr. Tielesch, MUDr. Balogh a iní.
Svoju históriu začala samotná Železničná nemocnica s poliklinikou v Košiciach písať v roku 1964, kedy bola do prevádzky daná ambulantná časť a začiatkom roku 1965 aj lôžková časť so základnými oddeleniami interným, chirurgickým a ARO. Prvý pacient na lôžku bol prijatý 10. marca 1965 na interné oddelenie. Naša nemocnica vtedy poskytovala vo svojej spádovej oblasti služby pre 20 tisíc zamestnancov ŽSR, ktorých počet neustále rástol až do čísla 36 tisíc. Postupne sa začali zriaďovať aj odborné ambulancie polikliniky. O kvalitné poskytovanie zdravotnej starostlivosti a nastavenie vysokého štandardu sa v tomto období postarali lekári ako MUDr. Poracký, MUDr. Nodžák, MUDr. Timkanič, MUDr. Keczer, MUDr. Bučková, MUDr. Rezníček, MUDr. Samsely, MUDr. Pichaničová, MUDr. Andreánsky, MUDr. Szilassy, MUDr. Šimonová, MVDr. Muzyčenková, MUDr. Desiatnik, neskôr MUDr. Hradocká, či MUDr. Baláž.
Snaha poskytnúť nadštandardné služby pre zamestnancov ŽSR a tiež ich rodinných príslušníkov a dôchodcov vyústila do potreby rozšíriť sieť poskytovaných služieb, čo sa týka kvality aj kvantity. Z tohto dôvodu sa v roku 1990 začala prístavba ŽNsP Košice. Celá stavba prešla veľmi zložitým obdobím sprevádzaným opakovaným pozastavením stavebných prác. Dnešnú podobu ŽNsP nadobudla v roku 2002.
Od začiatku až do roku 2006 pôsobila naša nemocnica ako rezortné zdravotnícke zariadenie Ministerstva dopravy, v sieti železničných nemocníc a polikliník v rámci Československa a od roku 1993 v rámci Slovenska. Jednou z kľúčových aktivít nášho zdravotníckeho zariadenia bola od jeho vzniku aj vnútropodniková posudková starostlivosť pre zamestnancov ŽSR.
Od roku 2006 je nemocnica prevádzkovaná spoločnosťou Železničné zdravotníctvo Košice, s.r.o.. Okrem poskytovanie lôžkovej a ambulantnej zdravotnej starostlivosti je na základe rozhodnutia Ministerstva doprav, pôšt a telekomunikácií Slovenskej republiky subjektom povereným na posudzovanie zmyslovej, zdravotnej a psychologickej spôsobilosti v zmysle platnej legislatívy týkajúcej sa prevádzky dráh a činností na dráhe. Zároveň má naše zdravotnícke zariadenie aj povolenie na výkon činnosti pracovnej zdravotnej služby.
V roku 2002 získala naša nemocnica ako prvá v Slovenskej republike Certifikát kvality ISO 9001:2000.